回到弗吉尼亚的华盛顿仍时刻关心着国事，他越来越感到联邦条款使议会缺乏权威，许多全国性的问题得不到解决。马萨诸塞州发生了以谢斯为首的起义，进一步加深了他的忧虑，他担心如果不立即着手巩固联邦政府，长期奋战、流血牺牲而赢得的北美独立事业会毁于一旦。一些政治领导人呼吁召开全美知名人士参加的全国会议，制定一部新的强有力的宪法。
他们知道，如果没有乔治·华盛顿的参加，制宪会议是不完整的，只要华盛顿能出席并主持会议，人们就能相信整个制宪过程不是一次权力之争。在这种情况下，华盛顿作为弗吉尼亚州的代表出席了费城的制宪大会。1787年5月25日，在费城召开了制宪会议，代表们一致推举华盛顿为大会主席，但在整个会议期间他很少以这个身份发表意见，只是尽量协调好各方关系，不断推动制宪工作的开展。9月17日，大多数代表都在宪法文本上签了字。
1789年2月，华盛顿当选为人类历史上第一位共和国总统。4月30日，华盛顿在临时首都纽约参加了就职典礼。就任总统以后，他面临的是一副烂摊子：“当时各种问题堆积如山，外有列强心怀叵测，战争阴云仍笼罩着美国，内有各州纷争未息，分裂的危险尚未根除。经济上国家公共信用扫地，求贷乏术，而债务利息却扶摇直上。
邦联政府除了债务以外什么都没有留下，而新政府的建设又无任何先例可循。”在他执政期间，这些问题逐一得到缓和或解决。他的第一任内阁是众所周知的最优秀的人才内阁：财政部长亚历山大·汉密尔顿，国务卿托马斯·杰斐逊，陆军部长诺克斯和检察长伦道夫。在财政方面，采纳汉密尔顿拟定的计划，即由联邦政府负责偿还各州在独立战争期间欠下的债务。在外交方面，向英国派遣了外交使节。对于边界印第安人则与之进行了持续的和平谈判。
1791年底，《权利法案》即十条修正案正式生效，这些条文旨在保障美国人民的基本自由权利，包括言论自由、新闻自由与宗教自由。华盛顿第一任期满后健康状况不佳，迫切需要退休，但政界各派领导人一致要求他留任。为了防止政府因党派斗争而分裂，华盛顿又一次以全票当选，继续连任。1793年3月4日，他在费城发表了连任就职演说，这是美国历史上最简短的一次就职演说，译成中文也就140多个字（包括标点）。
在第二届总统任期内，华盛顿在处理财政部长汉密尔顿和国务卿杰斐逊之间的矛盾和冲突方面花费了大量的精力。汉密尔顿和杰斐逊都是开国元勋，美利坚共和国的元老，但是他们两个人从外表到气质，从思想到风度，从哲学观点到外交政策都自成一体。可以说，他们各代表着美国资产阶级的左翼和右翼，这两翼相互斗争又相互妥协，犹如车之两轮共同推动着共和国向前发展。
建国初期，两人尚能同心协力，克服困难和障碍，但到了1792年和1793年间，两人之间的冲突终于从思想上发展到组织上，从理智转为感情，愈演愈烈。双方都有充分理由，令人是非难断，除了华盛顿，没有人有能力调解双方的争端。华盛顿作为国家最高行政首脑，与他们两人保持了等距离的关系，决不偏袒任何一方。
他积极寻找“中间路线”，试图在两人之间找出一条双方都能接受的解决办法。这种超脱的立场使他有可能把双方观点中有利于国家的部分集中起来，使美国较快地摆脱了建国初期面临的困难。但有一点他是没有预料到的，即这时期，美国现代的政党制度正处于萌发的过程中，而他对这一点没有任何思想准备。当不久后意识到党派斗争正成为现实时，他在思想上受到了极大的震动。
也就是说，华盛顿虽然可能把双方的优点集中起来，但他无法彻底解决杰斐逊和汉密尔顿之间的巨大分歧，使他们握手言和。他只得致力于把两人的争斗“关在内阁里面”，使其不致动摇整个联邦政府大厦。但最终这两位元老还是退出了内阁，于是民主一共和党人的矛头开始指向华盛顿，各种尖刻的批评意见严重刺伤了他的自尊心。
在对外关系方面，因为英国伙同欧洲其他君主国一起攻击新生的法兰西共和国，整个欧洲都卷入了战争。华盛顿宣布的“严守中立”的政策，遭到了拥护法国革命的杰斐逊和民主一共和党人的反对。在国内，最大危机是发生在宾夕法尼亚的“威士忌暴乱”，这是因征收酒税而引起的宾夕法尼亚西部边疆小农的反抗斗争。华盛顿亲自率军镇压。
由于对政治感到厌倦，也觉得自己日渐疲劳，华盛顿决心在第二次任职后退休，并表示拒绝再次连任。1796年9月17日，他发表“告别演说”。在演讲中他这样告诫国人：
……极为重要的是，你们应该正确地估计国家的团结对你们集体和个人幸福的巨大价值，你们应该对它怀有真诚的、自然的以及坚贞不渝的感情，要习惯于像对待政治安全与繁荣的守护神那样想到它或谈到它，要小心翼翼地保护它，要驳斥一切抛弃它的想法，即使对它抱有丝毫怀疑亦不允许，要义正词严地反对可能分裂国家的任何企图。
在考虑到可能扰乱我们联邦的各种原因的同时，有一件亟须特别关注的事情，即地理差别居然成为区别党派的特点的根据，如北方的和南方的，东部的和西部地区的，而别有用心之徒可能力图煽动人们相信，地方利益和观点的确存在差异。他们认为，为了在特定区域内获得影响力，应当组建党派，而党派的一个惯常手法就是歪曲其他地区的意见和目的。你们一定要提高警惕，防止由此种歪曲所引起的猜忌与不满。猜忌与不满易使本应情同手足般紧密联系在一起的人们彼此疏远。
同胞们，我请求你们相信我，一个自由的民族应该经常警惕外来势力的种种阴谋，因为历史与经验证明外来势力是共和政府最有害的敌人之一。但是有效的戒备必须是公正的，否则它就会为它本应避免的那种影响所利用，而不是防御的手段。过分偏爱某一个外国，过分讨厌另一个外国，使那些被鼓动的人只看见一个方面的危险，会掩盖甚至本质上支持了另一势力的诡计。
华盛顿任内的最大成就之一就是坚决维护了联邦的统一，无论国内政策还是国外政策，他都是完全从维护美利坚共和国的利益出发，也即从全局的角度来考虑美国国家的利益。不幸的是，他的担心在半个多世纪后变成了现实。从中也可以看出，美国的统一在很长时间里依然是一个非常严峻的问题。